วันที่ ๑๘ เดือน ธันวาคม พ.ศ. ๒๕๓๙ พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวได้โปรดเกล้าฯ ให้ นายขวัญแก้ว วัชโรทัย ประธานกรรมการมูลนิธิราชประชานุเคราะห์ ได้นำผ้าห่มกันหนาวพระราชทานมาแจกจ่ายให้แก่ราษฎรผู้ยากไร้ในพื้นที่อำเภอแม่อาย จังหวัดเชียงใหม่ ในโอกาสนี้ นายกฤษฎา บุญราช นายอำเภอแม่อายในขณะนั้น ได้กล่าวรายงานเรื่อง ปัญหาเด็กกำพร้า อำเภอแม่อาย จังหวัดเชียงใหม่ ซึ่งบิดามารดาเสียชีวิตจากโรคเอดส์ นายอำเภอแม่อาย ได้เสนอแนวความคิดว่า หากปล่อยให้เด็กกำพร้าเหล่านั้นเติบโตไปโดยไม่มีผู้ใดเลี้ยงดู เมื่อเด็กเติบโตเป็นผู้ใหญ่ก็อาจจะไปก่อปัญหาในสังคมได้ ดังนั้นจึงควรมีองค์กรใดองค์กรหนึ่งมารับผิดชอบเลี้ยงดูให้การศึกษาแก่เด็กเหล่านั้น
ในเวลาต่อมา นายขวัญแก้ว วัชโรทัย ประธานกรรมการมูลนิธิราชประชานุเคราะห์ ได้นำความเรื่องปัญหาเด็กกำพร้าดังกล่าวข้างต้น ขึ้นกราบทูลเพื่อทรงทราบและต่อมาได้พระราชทานพระมหากรุณาธิคุณโปรดเกล้าฯให้มูลนิธิราชประชานุเคราะห์ร่วมกับกระทรวงศึกษาธิการและจังหวัดเชียงใหม่ จัดตั้งโรงเรียนราชประชานุเคราะห์ ๓๐ ขึ้นเพื่อเป็นสถานที่ในการศึกษา เลี้ยงดูเด็กกำพร้าและเยาวชนผู้ด้อยโอกาสในสังคมของพื้นที่อำเภอแม่อาย และพื้นที่ใกล้เคียง
กระทรวงศึกษาธิการจึงได้จัดตั้งโครงการตั้งโรงเรียนราชประชานุเคราะห์ ๓๐ ขึ้นในวันที่ ๑๙ มีนาคม ๒๕๔๐ ฯพณฯ นายสุขวิช รังสิตพล รองนายกรัฐมนตรีและรัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการใขณะนั้น และนายขวัญแก้ว วัชโรทัย ประธานกรรมการบริหารมูลนิธิราชประชานุเคราะห์ พร้อมผู้บริหารระดับสูงกระทรวงศึกษาธิการ ได้เดินดูพื้นที่ที่จะก่อสร้าง ได้มีความเห็นชอบให้จัดตั้งโรงเรียนราชประชานุเคราะห์ ๓๐ ณ พื้นที่ที่นายอำเภอแม่อาย ได้เสนอไว้ดังกล่าวแล้ว
ดังนั้นโรงเรียนราชประชานุเคราะห์ ๓๐ จึงถือกำเนิดขึ้นมาในวันพิธีวางศิลาฤกษ์ในวันที่ ๑๔ ตุลาคม พ.ศ.๒๕๔๐ และประกาศจัดตั้งเมื่อวันที่ ๓๐ เมษายน พ.ศ. ๒๕๔๑ โดยมีพื้นที่โรงเรียนจำนวน ๑๖๒ ไร่ ๒ งาน ๘๒.๙๔ ตารางวา ณ หมู่ที่ ๒ บ้านแม่แหลงใหม่ อำเภอแม่อาย จังหวัดเชียงใหม่ โดยกรมสามัญศึกษาได้แต่งตั้งให้ นายสมพงษ์ ศรีขำ ผู้ช่วยผู้อำนวยการโรงเรียนศึกษาสงเคราะห์แม่จัน จังหวัดเชียงราย ปฏิบัติหน้าที่ผู้บริหารโรงเรียนราชประชานุเคราะห์ 30 เป็นคนแรก จนถึงวันที่ ๓๐ กันยายน พ.ศ. ๒๕๔๕ จึงได้เกษียณอายุราชการ และผู้บริหารคนปัจจุบันคือ ว่าที่ร้อยตรีสมชาย ร่องพืช
